בשנים האחרונות מקדמת ישראל את התפלת מי הים בהיקף גדול כפיתרון למצוקת המים במדינה. כבר היום מופעלים באשקלון מתקן ההתפלה הגדול ביותר למי ים באגן הים התיכון המייצר כ-100 מיליון ממ"ק מי שתייה בשנה ומתקן התפלה נוסף בפלמחים המייצר כ- 30,000 ממ"ק בשנה. בימים אלה עומדת להתחיל הפעלתו של מתקן התפלה נוסף בחדרה, שהקפי ההתפלה שלו גדולים מאלו של המתקן באשקלון. שלושה מתקנים נוספים מצויים כיום בהליכי תכנון מתקדמים (אשדוד, שורק ומתקן לרשות A בחדרה).
יחד עם זאת, לא ניכר שההשפעות הסביבתיות של מתקנים אלה נדונו עד כה לעומקן בשלב כלשהו בהליך התכנון שלהם, כפי שראוי היה לעשות כשמדובר במפעל חלוצי בסדר גודל כזה. סקירת הספרות המחקרית שנערכה מעידה על כך שגם בעולם אין מספיק ידע בתחום המדובר.
גופים ממשלתיים וארגוני סביבה שונים בישראל טוענים שההזרמה לים של מי רכז מהמתקנים להתפלת מי-ים הקיימים והמתוכננים לאורך חוף הים התיכון עלולה לגרום להשפעות חמורות על המערכת האקולוגית של מימי החופין. במסמכים רשמיים של גופים אלה ובפרסומים בתקשורת הוצגו, בין היתר, השערות שרכז ההתפלה יתפזר על פני כל החוף הישראלי ומעבר לו ויגרום לזיהום כרוני של המערכת הימית ולהפרת האיזון האקולוגי, שמליחות הרכז עלולה לגרום לתמותת דגים עד כדי עקירת חוליה חשובה משרשרת המזון הימית, שתוספים של תהליך ההתפלה המגיעים אל הרכז הינם רעילים לייצורים ימיים או עלולים לגרום לפריחות מסיביות של אצות (כולל אצות רעילות) וכתוצאה מכך לחוסר חמצן בגוף המים ובקרקעית הים, ואף שעלולה להיגרם השפעה מסוכנת על בריאות הציבור. מעבר לכך נטען שבאופן כללי, ההשפעה של רכז ההתפלה על הסביבה הימית איננה ידועה. קיים שפע של מידע המאפשר בחינה מקצועית של השערות אלה, ובין יתר המידע הרלוונטי, ממצאי הניטור הרב - שנתי של הסביבה הימית באזור ההזרמה של מי הרכז ממתקן ההתפלה באשקלון מפריכים את ההשערות לעיל ומעידים שמדובר במיתוסים שאין להם אחיזה במציאות.
השפעת שאיבת כמויות גדולות של מי ים אל המתקן והזרמת רכז התפלה לים, יחד עם חומרים נוספים המשמשים בתהליך ההתפלה כמעט ולא נבדקה. יש לציין שבנוסף להזרמות מתקן ההתפלה מוזרמים באזור זה, על קו החוף, גם מי הקירור של תחנת הכוח רוטנברג ומי טיוב בארות(עם ריכוז גבוה יחסית של ניטראט). נמצא כי מליחות המים באזור ההזרמה גבוהה בכ-4% מהמליחות הטבעית באזור וגם טמפרורת המים גבוהה ב-4-7 מעלות מהטבעי כתוצאה מהזרמת רכז ההתפלה ומי הקירור, בהתאמה.
עד כה בוצע ניטור ימי לבחינת השפעת הרכז ממתקני ההתפלה באשקלון (2006 ואילך) ובפלמחים (סתיו 2008 ואילך) ובחדרה יחל הניטור ב2010.
למתקני ההתפלה יש השפעה על הסביבה הימית. עוצמת ההשפעה והשלכותיה האקולוגיות חייבות להבחן לאורך זמן וטרם ניתן להסיק מסקנות לטווח הארוך. השפעת יניקת מי הים במסגרת פעולת מתקני ההתפלה טרם נבדקה והנושא נבחן בימים אלה.
